로이드가 오버로드를 무찌르고 난 후, 닌자고 시티는 사이러스 보그라는 천재 과학자 덕분에 첨단 기술의 도시로 새롭게 태어난다. 싸워야 할 적이 사라진 시대가 오자, 닌자들은 아이들을 가르치며 지루한 하루를 보낸다. 그러던 중, 아이들과 현장 학습으로 보그 기업을 방문하게 되고, 그곳에서 만난 사이러스 보그한테서 테크노 블레이드라는 새로운 무기를 받게 된다. 그리고 오버로드가 바이러스 형태로 아직 살아 있다는 사실을 알게 되는데…