1999년 갑자기 일본 시부야에 거대 운석이 떨어져 그 지역 일대가 파괴되는 피해를 입게 되었다. 그러나 그것은 시작에 불과할 뿐이었다. 운석이 떨어진 후부터 인간으로 변하여 인간을 살해하는 우주 생명체, '웜'이 발생하고, 그들은 시부야에 떨어진 운석과 함께 지구에 도달하게 된 것이다. 그런 '웜'을 물리치기 위해 인류는 비밀 조직인 '젝트(ZECT)'를 결성, 그들에 대항하기 위해 '마스크드 라이더 시스템(Masked Rider Syste: 가면 라이더 시스템)'을 개발하는데 이르렀다. 어느 날, ZECT에서 인턴으로 일하는 '가가미 아라타'는, 스스로를 '하늘의 길을 걷고, 모든 것을 주관하는 남자'라고 소개하는 이상한 청년, '텐도 소지'를 만나게 된다. 계속되는 웜의 출현으로, 피해가 늘어가는 것을 목격한 가가미는 라이더가 되어 싸울 것을 결심한다,